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Ignota è la data di costruzione dell’originaria chiesetta, edificata per custodire le spoglie del santo, che furono traslate a Bovino forse per metterle al sicuro dopo la distruzione di Aeca nel 663. Nulla dunque si sa dell’origine della chiesa di San Marco, se non che essa fu consacrata nel 1197, come attesta un’epigrafe datata al 1703, e annessa al presbiterio dell’allora cattedrale.
L’attuale aspetto della chiesa si deve ai restauri avvenuti nel corso degli anni ’30 del ‘900, che hanno eliminato tutte le aggiunte barocche, conservando solo l’altare settecentesco sul quale insiste la pala con la “Visione di San Marco” e un busto reliquiario di scuola napoletana del XVIII sec. contenente le ossa del santo.
L’interno è a navata unica, chiusa da un ampio presbiterio, sormontato da una cupola. Lungo le pareti della navata si trovano quattro monumenti sepolcrali di vescovi della città. Di pregiata fattura è poi la fonte battesimale in marmo del XVII sec., dono dei Guevara.
Il Cappellone è accessibile anche dall’esterno tramite un portale con una lunetta a bassorilievo che raffigura S. Marco di Aecae, con mitra e pastorale, tra due diaconi, che reggono la suppellettile liturgica.
